鱼油可以被非降解有机物(POP)严重污染，比如二氧芑和氯化多聚芳烃(PCBs)，这些污染物都是由于环境污染而在于鱼类体内积聚的。总所周知，这些难降解有机物( POPS)对健康有害，因此欧盟已经规定了二氧芑及同二氧芑类似的PCBs在鱼油和鱼油相关的饲料中的最高含量。粉末活性炭已经被证明，是一个降低污染鱼原种的二氧芑/PCBs的有效方法，可以使的鱼油符合规定。

　　活性炭已经被揭示，在从油中脱除二氧芑及二氧芑类似的物质，具有非常好的效果。最大的油脂生厂商迪斯美巴拉斯特研发部的经历Wim de grey博士表示:用来自于波罗的海的鳍鱼甘油作为原料进行了试验，实验表明，使用适量的粉末活性炭几乎可以完全脱除PCDD/F。专用净化鱼油活性炭的仅仅0. 1%的添加量，可以脱除油中80%的二氧芑，脱除效果依赖于分子的几何结构。进一步来说，在此试验条件下，净化鱼油活性炭处理后，不会对油的质量产生任何明显的效果，也不会都脂肪酸的组成造成影响，欧米茄-3中的DHL和EPA没有受到任何影响。

　　已经证明，残余的PCB能被提取充分的脱除。活性炭和提取结合，用于鱼油的净化，因而被证明是最佳效果的技术。数个欧洲的鱼油生产厂家已经成功的应用粉末活性炭净化鱼油。